De kerkzaal heeft ondanks de relatief grote omvang een zekere mate van intimiteit, onder andere door de wijze waarop de zitplaatsen zijn gegroepeerd. De akoestiek is van hoog niveau waardoor het gebouw bij uitstek geschikt is voor concerten en geluidsopnamen.
De gebruiksgeschiedenis van het gebouw is sterk verweven met de ontwikkeling van de Gereformeerde Kerken in Nederland, mede door het gebruik dat de Theologische Hogeschool in het verleden van de Burgwalkerk maakte.
De Burgwal bestaat feitelijk uit twee direct aan elkaar gebouwde delen. Naast de voormalige kerkzaal bevindt zich een rond 1925 gebouwd zalen- en vergadercentrum. Gebouwd in de stijl van het interbellum heeft het een heel andere uitstraling.
Het orgel werd in 1877 gebouwd door de Kamper orgelbouwer Zwier van Dijk. Sinds die tijd is het verschillende keren uitgebreid en verbeterd. In 2007 werd het orgel geheel gerestaureerd.